木薯MNP标记在品种鉴定中的应用

万人静 李琼 周新成 李论 李甜甜 周俊飞 李莎 彭海 章伟雄 方治伟

摘  要：MNP（multiple nucleotide polymorphism， MNP）是隨着分子标记技术的发展而产生的一种新型分子标记技术。靶向测序基因型技术（genotyping by target sequencing， GBTS）在一个扩增子内仅扩增一个SNP位点，MNP基于GBTS可在一个扩增子内同时扩增多个SNP位点。该技术具有成本低、检测效率高、应用灵活、适应性广等特点，MNP标记可用于育种过程的鉴定。为了建立快速、精准、高效的木薯品种鉴定方法，筛选适用于木薯品种鉴定的MNP分子标记，本研究在全基因组范围内筛选高多态性区域并设计引物，最终在全基因范围内获得623个木薯MNP标记位点，并利用28个木薯品种对木薯MNP标记进行评价。结果表明，MNP标记分型重现性高达100%。MNP标记位点在28个木薯品种中检出（4.07±1.68）种等位基因型，最多具有12种等位基因型。对所有木薯品种进行两两比较时，99.47%（376/378）的品种对间的差异大于46%，比例在0.3%～81.0%之间，均值为71.78%。相较于SNP，MNP具有更好的品种区分能力。综上所述，本研究所开发的木薯MNP分子标记具有较高的重现性、多态性和品种区分能力，可广泛用于木薯的种质资源多样性、新品种培育及品种鉴定等研究。

关键词：木薯；分子标记；MNP；品种鉴定中图分类号：S667.9      文献标识码：A

Application of Cassava MNP Markers in Variety Identification

WAN Renjing1，2， LI Qiong3， ZHOU Xincheng4， LI Lun1，2， LI Tiantian1，2， ZHOU Junfei1，2， LI Sha5，6， PENG Hai1，2， ZHANG Weixiong2，7， FANG Zhiwei1，2*

1. School of Life Science， Jianghan University， Wuhan， Hubei 430056， China; 2. Institute for Systems Biology， Jianghan University， Wuhan， Hubei 430056， China; 3. Tropical Crops Genetic Resources Institute， Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences， Haikou， Hainan 571101， China; 4. Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology， Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences， Haikou， Hainan 571101， China; 5. Hubei Key Laboratory of Three Gorges Project for Conservation of Fishes， Yichang， Hubei 443100， China; 6. Chinese Sturgeon Research Institute， China Three Gorges Corporation， Yichang， Hubei 443100， China; 7. Faculty of Health and Social Sciences， The Hong Kong Polytechnic University， Hong Kong 100872， China

Abstract： MNP （multiple nucleotide polymorphism， MNP） is a new molecular marker technology emerged with the development of molecular marker technology. While genotyping by target sequencing （GBTS） amplifies only one SNP site in one amplicon， MNP can amplify multiple SNP sites simultaneously in one amplicon based on GBTS. This technology has the features of low cost， high detection efficiency， flexible application and wide adaptability， Compared with SNP， MNP has better ability to differentiate varieties. In order to establish a rapid， accurate and efficient method for cassava variety identification and to screen MNP molecular markers suitable for cassava variety identification， this study screened highly polymorphic regions and designed primers in the whole genome range， and finally obtained 623 cassava MNP marker loci in the whole genome range， the cassava MNP markers were evaluated using 28 cassava varieties. The results showed that the MNP marker typing reproducibility was up to 100%. 4.07±1.68 alleles were detected in 28 cassava varieties， with a maximum of 12 alleles. When all cassava varieties were compared one by a one， 99.47% （376/378） of the differences between pairs were greater than 46%， with the proportion ranging from 0.3% to 81.0%， with a mean value of 71.78%. Meanwhile， MNP markers can be used for identification in the breeding process. In conclusion， the cassava MNP molecular markers developed in this study have high reproducibility， polymorphism and variety differentiation ability， and could be widely used for research on germplasm diversity， new variety breeding and variety identification of cassava.

Keywords： cassava; molecular marker; MNP; variety identification

DOI： 10.3969/j.issn.1000-2561.2023.12.007

木薯（Manihot esculenta Crantz）又名树薯，为大戟科（Euphorbiaceae）木薯属（Manihot），在热带、亚热带地区广泛栽植。木薯是全球三大薯类作物之一，也是第六大粮食作物，享有“淀粉之王”的盛誉[1]。木薯的用途非常广泛，一方面木薯可作为优质杂粮，世界上有近8亿人以木薯为粮食[2]；另一方面，木薯还可以被加工成不同的工业产品，例如淀粉和酒精[3]，是发展潜力巨大的能源植物。

木薯为异花授粉植物，基因型高度杂合[4]，倍性复杂，制约了传统分子标记的开发和应用。在以往的研究中，应用于木薯的分子标记技术主要有相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism， SRAP）[5-6]、简单重复序列（simple sequence repeat， SSR）[7-11]、扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism， AFLP）[12-13]、目标起始密码子多态性（start codon targeted polymorphism， SCoT）[14]、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism， SNP）[8，15-16]。这些分子标记技术在分子标记的多态性、检测的标记数量以及检测效率等一个或多个方面存在不足。如凝胶电泳是AFLP和SSR最常用的检测方法，这种方法难以大规模、高通量地应用于大量样品的检测和分型；虽然最近也有将高通量测序技术用于SSR的高通量检测和分型的报道，但是受到DNA聚合酶滑脱的影响，SSR在杂交种和多倍体物种的准确分型仍然是一个难点[17]。SNP是另一个目前最常用的分子标记之一，由于SNP多是二态性的，因此单个标记位点多态性不高，需要检测大量SNP位点弥补这一缺陷。目前主要检测手段有高通量测序和芯片法2种，这2种方法在检测成本和检测结果的重现性和准确性上尚有待提高。一段基因组区域内由多个SNP位点共同组合为一个标记的新型分子标记技术，即MNP标记技术，提高了单分子标记的多态性；利用扩增子测序方法在提高测序深度的同时又降低测序成本，实现了准确性和效益的双赢。该技术已形成国标并用于水稻、玉米、棉花等16种作物的品种鉴定。目前尚没有MNP标记技术在木薯中的研究和报道。本研究在木薯全基因组范围内筛选MNP分子标记位点，并利用收集到的28个木薯品种对开发的木薯MNP标记进行评价。

1  材料与方法

1.1  材料

供试的28份木薯栽培品种均来自中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所，品种名称以及编号见表1。

1.2  方法

1.2.1  MNP位点开发  基于前期收集的241份木薯材料的SNP信息，在全基因组范围内筛选MNP标记位点。首先通过Bowite 2软件将241份木薯的全基因组数据比对到木薯的参考基因组Mes culenta_305_v6（下载地址为ftp：//cassavabase.org/ Manihot_v6.1/）上，比对参数全部采用默认值。比对完成后，采用samtools sort软件对比对结果排序并转存为bam格式文件，通过“-@ 6-m 2G”参数设定排序时使用6个线程，内存指定用2 Gb。利用samtools mpile软件鉴定出所有的SNP位点，参数设置为默认数值。获得全部的SNP位点后，通过窗口平移的方式在全基因组范围内寻找候选的标记位点。具体操作为：选定一个125 bp的基因组区域，统计该区域内的SNP的数量，以及该区域对241份木薯的区分度（discriminative power，DP）。区分度的计算方法为DP=n/N，n指所有材料两两比较时可以区分的样品对数，N指的是比较的总样品对数。若该区域含有≥3个SNP位点，且区分度>0.2，则该区域作为候选MNP标记位点。然后向前滑动20 bp，重新计算上述指标。对所有获得候选MNP标记位点进行物种特异性检查，保留物种特异性最好的作为最终的MNP标记位点。MNP引物由石家庄博瑞迪生物技术有限公司合成。

1.2.2  基因组DNA的提取与纯化  将每个品种进行至少10个单株叶片混合取样并用液氮充分研磨成粉末后采用CTAB法抽提基因组DNA。利用核酸定量仪Qubit检测DNA浓度，琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。

1.2.3  多重PCR扩增与文库构建  通过两轮PCR扩增的方法构建高通量测序文库。第一轮为多重PCR扩增，目的是富集目标片段，其扩增体系为：引物混合物4 μL（10 μmol/L），DNA模板（20～ 200 ng）x μL，GenoPlexs 3×T Master Mix 10 μL，ddH2O （16–x）μL。PCR反应程序：95 ℃预变性5 min；95 ℃变性20 s，60 ℃退火延伸4 min，循环15次；72 ℃最后延伸10 min，10 ℃保温结束反应。使用磁珠对PCR产物进行纯化，方法参照说明书。第二轮PCR目的对PCR产物添加测序接头，其扩增体系为：接头引物F（5 μmol/L）2 μL，接头引物R（5 μmol/L）2 μL，DNA模板（第一轮PCR纯化产物）16 μL，GenoPlexs 3×T Master Mix 10 μL。PCR反应程序：95 ℃预变性3 min；95 ℃ 15 s，58 ℃ 15 s，70 ℃ 30 s，循環8次；72 ℃最后延伸5 min，10 ℃保温结束反应。用Qubit检测文库浓度，用琼脂糖凝胶检测文库质量。正常文库浓度在10 ng/μL以上，且电泳条带单一，大小在300 bp左右。采用NovaSeq 6000进行双末端测序，单端读长为150 bp，测序由诺禾致源生物信息科技有限公司完成。

1.2.4  测序片段比对与MNP标记分型  测序片段比对、MNP标记分型与样品间比较参见FANG等[18]的方法，其具体流程简述如下：对于每一个样品的测序数据，首先利用Bowtie 2（version 2.1.0）软件将测序片段比对到参考基因组上。对于每个MNP位点，统计该位点上检测到的所有等位基因型以及支持该等位基因型的测序片段数目，即该等位基因型的丰度。丰度最高的等位基因型是该位点的主等位基因型。若主等位基因型的丰度大于20，则认为该位点成功检出。与主等位基因型的丰度比值大于0.2的其他等位基因型均记为可信等位基因型。对于每一个MNP位点，若2个样品间的等位基因型相同，则认为这2个样品在该MNP标记位点无差异。若同一MNP标记位点在2次重复中的分型结果无差异，则认为该位点分型结果可重现。重现率R=m/M，m指不可重现的MNP标记位点总数，M指重复间比较的MNP的标记位点总数。准确性A=1–（1–R）/2。采用perl脚本统计每个MNP位点的等位基因型数、群体内杂合子所占比率（observed heterozy gosity， Ho）以及区分度。为了全面与SNP技术进行比较，利用bcftools（Version 1.5）工具从测序数据中获取每个样品的SNP标记分型结果。分别基于MNP和SNP分型结果，两两比较样品间，统计共同检出位点以及差异位点数（基因型存在差异的位点）。

2  结果与分析

2.1  木薯MNP位点筛选

利用已公布的241份木薯的SNP信息，成功设计出623个MNP標记位点。如图1A所示，所设计的位点均匀分布在18个染色体上（图1A）。MNP标记长度范围在186～274 bp之间（图1B），绝大多数位点（427个）的长度位于270～274 bp之间。每个MNP位点包含2～26个高频SNP（MAF>5%，平均9.06个，图1C）。

2.2  木薯MNP位点的准确性和重现性分析

28个样品的56个文库共获得11.5 Gb测序数据，获得31 422个MNP标记分型结果，平均每个MNP标记有900.68倍的覆盖深度。为了评估MNP标记法在木薯中的准确性和重现性，分别比较了每份木薯样品的重复实验检测结果（表2）。共15 644个MNP标记位点在2次重复中均检出，其中可重现的位点15 644个，重现性为100%，分型准确性为100%。

2.3  木薯MNP位点的多态性和品种区分能力

在28份木薯品种中，每个MNP标记位点检出的等位基因型数目在1～12之间，平均检出（4.07±1.68）种等位基因型，其中237个位点含有5种以上等位基因型（图2）。在本研究中，MNP位点的观测杂合率（Ho）在0～96.43%之间，平均值为50.61%，较高的杂合率显示本次检测样本的遗传背景较为广泛。

为了评估MNP标记对木薯样品的区分能力，将样品进行两两比较，统计两两样品间分型结果有差异的MNP标记位点比例，如图3所示。在本次供试的28个品种中，任意2个品种间的差异位点比例在0.3%～81.0%之间（均值为71.78%），99.47%（376/378）的品种对间的差异大于46%；单个MNP标记的平均区分度为0.68，其中5个位点（MSH0091、MSH0338、MSH0470、MSH0498和MSH0557）具有极高区分度，能将95%以上的样本区分开。

2.4  MNP标记用于木薯育种过程鉴定

我国的木薯品种主要通过引进国外品种或地方资源进行杂交选育获得。如木薯品种SC5是通过SC8013和ZM8625的杂交后代选育而成[19]。比较两样品的MNP分型结果发现，SC5和SC8013共同检出534个位点，其中532个位点（99.63%）具有相同的等位基因型，这与已知的品种培育过程一致。

2.5  基于SNP标记的重现性和品种区分能力

为了比较SNP技术在本次供试木薯品种间的区分能力，从扩增子测序数据中获取每个样品的SNP标记分型结果，28个木薯品种共检出6189个SNP位点；基于这些SNP位点比较重复实验中同一样品分型结果的一致性，以及不同样品间的差异位点比例。如图4所示，相同样品2次重复之间的差异可达2.23%～5.34%，整体分子标记的重现率为96.53%；不同样品的SNP差异位点比例在2.72%～50.05%之间，平均值为43.19%。

3  讨论

本研究首次在木薯中进行MNP分子标记技术的开发，获得了623个MNP标记位点。这些位点均匀分布在木薯的18条染色体上，因而理论上可以用于表征全基因组水平上的遗传特征。基于28个木薯品种的评价结果表明，这批分子标记位点具有较高的多态性和品种区分能力，且分型结果达到了100%重现，是非常理想的分子标记技术。从多态性来看，单个MNP标记最高有12种等位基因型，平均4.07个，这与目前已经报道的小麦的单个SSR的等位基因型数量相当[19-20]。从区分度看，平均每个MNP标记位点可以区分68%的品种对，5个潜在的核心位点可以区分95%的品种对；整体来看，任意2个木薯品种间平均有71.78%的位点分型结果有差异，实现了品种间高度区分。相较而言，基于SNP标记的分型，任意2个木薯品种间平均差异仅为43.19%。从重现性来看，MNP分子标记技术的重现性达到了100%，远高于SSR和SNP的重现性[21-22]。由此可见，相较于传统分子标记技术，MNP标记技术在分子标记的多态性、分型结果重现性以及品种区分能力等指标表现出了良好的综合性能。同时，采用多重PCR扩增和高通量测序相结合的方法实现MNP标记分型，提高了MNP标记技术高通量、大规模的快速、准确分型的能力，在提高测序深度的同时又降低测序成本，实现了准确性和效益的双赢。

除了基础理论研究外，遗传分子标记技术在生产实践中也有大量的应用场景，如对不同种质资源和栽培品种的区分、对冒牌种子和侵权品种、实质性派生品种的判定等。这些应用场景往往与品种的管理和执法相关，因此要求分子标记技术必须具有极高的分型准确性和重现性以及检测位点多、品种区分能力强。然而，对于木薯这种倍性复杂以及高度杂合的物种，传统的分子标记开发难度大，可用的标记位点数量少，检测的准确性难以满足应用需求。本研究中开发的MNP分子标记技术有效解决了上述问题，具备用于木薯品种真实性鉴定和实质性派生品种鉴定的能力，可为木薯品种选育、打假与维权以及品种权保护提供重要技术支撑。

参考文献

[1] 曹升， 尚小红， 陈会鲜， 陆柳英， 肖亮， 曾文丹， 李恒锐， 黄丹宁， 严华兵. 广西地方面包木薯种质资源调查及表型性状分析和品质评价[J]. 西南农业学报， 2021， 34（11）： 2318-2325.CAO S， SHANG X X， CHEN H X， LU L Y， XIAO L， ZENG W D， LI H R， HUANG D N， YAN H B. Investigation and collection of local Bread-cassava germplasm resources in Guangxi and their phenotypic trait analysis and quality evaluation[J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences， 2021， 34（11）： 2318-2325. （in Chinese）

• 罗春芳， 杨龙， 欧珍贵， 罗亚红， 饶萍， 盧加举. 23份木薯种质资源在贵州的形态多样性分析与评价[J]. 江西农业学报， 2021， 33（5）： 24-30.LUO C F， YANG L， OU Z G， LUO Y H， RAO P， LU J J. Analysis and evaluation of morphological diversity of 23 cassava germplasm resources in Guizhou[J]. Acta Agriculturae Jiangxi， 2021， 33（5）： 24-30. （in Chinese）
• 段钢， 许宏贤， 阮振华， Shetty J. 新鲜木薯直接转化生产乙醇[J]. 食品与生物技术学报， 2009， 28（3）： 413-417.DUAN G， XU H X， RUAN Z H， SHETTY J. Direct conversion of fresh cassava root to ethanol[J]. Journal of Food Science and Biotechnology， 2009， 28（3）： 413-417. （in Chinese）
• 严华兵， 叶剑秋， 李开绵. 中国木薯育种研究进展[J]. 中国农学通报， 2015， 31（15）： 63-70.YAN H B， YE J Q， LI K J. Progress of cassava breeding in China[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin， 2015， 31（15）： 63-70. （in Chinese）
• 齐兰， 王文泉， 张振文， 叶剑秋， 李开绵. 利用SRAP标记构建18个木薯品种的DNA指纹图谱[J]. 作物学报， 2010， 36（10）： 1642-1648.QI L， WANG W Q， ZHANG Z W， YE J Q， LI K M. DNA fingerprinting analysis of 18 cassava varieties using sequence-related amplified polymorphism markers[J]. Acta Agronomica Sinica， 2010， 36（10）： 1642-1648. （in Chinese）
• 夏志强， 邹枚伶， 王文泉. 木薯SRAP扩增体系的建立与优化[J]. 中国农学通报， 2008（9）： 457-460.XIA Z Q， ZOU M L， WANG W Q. Optimization of SRAP reaction system in cassava[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin， 2008（9）： 457-460. （in Chinese）
• FREGENE M A， SUAREZ M， MKUMBIRA J， KULEMBEKA H， NDEDYA E， KULAYA A， MITCHEL S， GULLBERG U， ROSLING H， DIXON A G， DEAN R， KRESOVICH S. Simple sequence repeat marker diversity in cassava landraces： genetic diversity and differentiation in an asexually propagated crop[J]. Theoretical and Applied Genetics， 2003， 107（6）： 1083-93.
• OLSEN K M. SNPs， SSRs and inferences on cassavas origin[J]. Plant Molecular Biology， 2004， 56（4）： 517-26.

[9] 彭靖茹， 马增风， 黎萍， 甘志勇， 苏文潘， 黄惠芳. 木薯种质资源遗传多态性SSR分子标记的研究[J]. 中国农学通报， 2012， 28（6）： 58-62.PENG J R， MA Z F， LI P， GAN Z Y， SU W P， HUANG H F. Genetic polymorphism of Cassava germplasm SSR molecular markers[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin， 2012， 28（6）： 58-62. （in Chinese）

[10] 王明， 肖鑫輝， 安飞飞， 万仲卿， 应东山， 王琴飞， 张如莲， 李开绵， 叶剑秋. 利用SSR标记分析木薯遗传多样性[J]. 热带农业科学， 2015， 35（11）： 38-44.WANG M， XIAO X H， AN F F， WAN Z Q， YING D S， WANG Q F， ZHANG R L， LI K M， YE J Q. Genetic diversity of cassava germplasm revealed by SSR markers[J]. Chinese Journal of Tropical Agriculture， 2015， 35（11）： 38-44. （in Chinese）

[11] 韦祖生， 夏志强， 李开绵， 王文泉. 木薯种质库遗传多样性的EST-SSR标记[J]. 热带作物学报， 2008（3）： 304-309.WEI Z S， XIA Z Q， LI K M， WANG W Q. Analysis of genetic diversity of cassava genepool by EST-SSR markers[J]. Chinese Journal of Tropical Crops， 2008（3）： 304-309. （in Chinese）

[12] 张振文， 姚庆群， 许瑞丽， 李开绵. 我国主要木薯品种AFLP多态性分析[J]. 西南农业学报， 2010， 23（5）： 1606- 1609.ZHANG Z W， YAO Q Q， XU R L， LI K M. Genetic diversity analysis by AFLP for cassava in China[J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences， 2010， 23（5）： 1606-1609. （in Chinese）

[13] 夏秀忠， 冯斗， 覃艳. AFLP对广西主栽木薯品种的遗传多态性分析[J]. 西南农业学报， 2005（6）： 818-821.XIA X Z， FENG D， QIN Y. AFLP analysis of genetic diversity within and among Guangxi main cassava cultivars[J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences， 2005（6）： 818-821. （in Chinese）

[14] 周慧文， 单建伟， 冯斗， 严华兵. SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用[J]. 热带作物学报， 2015， 36（8）： 1440-1444.ZHOU H W， SHAN J W， FENG D， YAN H B. Application of SCoT molecular marker in the genetic diversity analysis of cassava[J]. Chinese Journal of Tropical Crops， 2015， 36（8）： 1440-1444. （in Chinese）

[15] 孫倩， 邹枚伶， 张辰笈， 江思容， Eder Jorge de Oliveira， 张圣奎， 夏志强， 王文泉， 李有志. 基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析[J]. 作物学报， 2021， 47（1）： 42-49.SUN Q， ZOU M L， ZHANG C J， JIANG S R， JORGE DE OLIVEIRA E ， ZHANG S K， XIA Z Q， WANG W Q， LI Y Z. Genetic diversity and population structure analysis by SNP and InDel markers of cassava in Brazil[J]. Acta Agronomica Sinica， 2021， 47（1）： 42-49. （in Chinese）

[16] XIA Z Q， ZOU M L， ZHANG S K， FENG B X， WANG W Q. AFSM sequencing approach： a simple and rapid method for genome-wide SNP and methylation site discovery and genetic mapping[J]. Scientific Reports， 2014， 4： 7300.

[17] LI L， FANG Z W， ZHOU J F， CHEN H， HU Z F， GAO L F， CHEN L H， REN S， MA H Y， LU L， ZHANG W X， PENG H. An accurate and efficient method for large-scale SSR genotyping and applications[J]. Nucleic Acids Research， 2017， 45（10）： e88.

[18] FANG Z， LI L， ZHOU J， YOU A Q， GAO L F， LI T T， CHEN H， HAN R X， CUI Y H， CHEN L H， XIAO H F， ZHANG J， XU N， FU X Q， ZHANG J N， LI X T， MA A J， ZHANG W X， PENG H. Multiple nucleotide polymorphism DNA markers for the accurate evaluation of genetic variations[J]. bioRxiv， DOI： 10.1101/2021.03.09.434561.

[19] TAN X Y， GU B， LI X X， XIE C F， CHEN L， ZHANG B J. Effect of growth period on the multi-scale structure and physicochemical properties of cassava starch[J]. International Journal of Biological Macromolecules， 2017， 101： 9-15.

[20] 楊德光， 翁跃进， 董玉琛， 魏湜， 胡正. 部分耐盐小麦品种（系）SSR位点遗传多样性研究[J]. 植物遗传资源学报， 2005（1）： 9-14. YANG D G， WENG Y J， DONG Y C， WEI S， HU Z. Genetic diversity of some salt-tolerant wheat （Triticum aestivum L.） cultivars detected by SSR markers[J]. Journal of Plant Genetic Resources， 2005（1）： 9-14. （in Chinese）

[21] 王凤格， 杨扬， 易红梅， 赵久然， 任洁， 王璐， 葛建镕， 江彬， 张宪晨， 田红丽， 侯振华. 中国玉米审定品种标准SSR指纹库的构建[J]. 中国农业科学， 2017， 50（1）： 1-14.WANG F G， YANG Y， YI H M， ZHAO J R， REN J， WANG L， GE J R， JIANG B， ZHANG X C， TIAN H L， HOU Z H. Construction of an SSR-Based standard fingerprint database for corn variety authorized in China[J]. Scientia Agricultura Sinica， 2017， 5（1）： 1-14. （in Chinese）

[22] FANG L， WANG Q， HU Y， JIA Y H， CHEN J D， LIU B L， ZHANG Z Y， GUAN X Y， CHEN S Q， ZHOU B L， MEI G F， SUN J L， PAN Z E， HE S P， XIAO S H， SHI W J， GONG W F， LIU J G， MA J， CAI C P， ZHU X F， GUO W ZH， DU X M， ZHANG T Z. Genomic analyses in cotton identify signatures of selection and loci associated with fiber quality and yield traits[J]. Nature Genetics， 2017， 49（7）： 1089-1098.